Un programme de surveillance de l'état des eaux est établi pour chaque bassin ou groupement de bassins, afin de dresser un tableau cohérent et complet de l'état de ses eaux. Il s'applique :
Les programmes de surveillance sont applicables depuis le 22 décembre 2006. Ces programmes sont eux-mêmes composés de différents programmes : suivis quantitatifs, contrôles de surveillance, contrôles opérationnels... pour chacun des bassins.
Les mesures effectuées sur les sites se font sur des paramètres (chimiques) ou des éléments de qualité (biologiques, hydromorphologiques, physico-chimiques) définis par la directive cadre sur l’eau. Selon qu’il s’agisse d’eaux de surface ou d’eaux souterraines, et selon le bassin, les paramètres et éléments de qualité suivis varient.
Les programmes de surveillance s’appuient en particulier sur des réseaux de sites, sur lesquels sont effectués les mesures qui permettront notamment d’évaluer la qualité de l’eau en un point donné ou de suivre les variations quantitatives en ce point (débit d’un cours d’eau, niveau d’une nappe souterraine, ...).
Au niveau national comme pour chaque bassin, des synthèses sur le nombre de sites inscrits dans les programmes de surveillance peuvent être effectués : non seulement selon la catégorie d’eau (eaux de surface, eaux souterraines), mais aussi selon le type de programme (contrôle de surveillance, contrôle opérationnel, …).